Årsmøtet er FTLs øverste organ. Hver medlemsorganisasjon har en stemme.
Styret i FTL består av en representant for hver av medlemsorganisasjonene. Styret har også interne dialogsamtaler om aktuelle temaer.
Daglig leder (er ansvarlig for det daglige arbeidet)
Samarbeidsutvalget (SU) består av 1-2 representanter for medlemsorganisasjonene. SU møtes noen ganger i året for å bli kjent med hverandres tros- og livssynbakgrunn og ha dialogsamtaler om aktuelle temaer. Bidrar også til å gjennomføre aktiviteter/arrangementer.